El Programa de Estrategia Nacional es el encargado de orientar la conducción general de los Nodos y los Programas de la Red. Mediante la proyección de un plan de trabajo que marca un rumbo de acción política y social, el equipo encargado tiene como objetivo crear y coordinar estrategias de colaboración con los diferentes sectores e instituciones involucrados en el Patrimonio Biocultural de México. Dicho programa es coordinado por el Dr. Victor Toledo y el Dr. Eckart Boege